Religius Nasionalis Dalam rangka meningkatkan iman dan takwa, disamping 3 jam pembelajaran kurikulum pendidikan agama, sekolah membiasakan program membaca kitab suci masing-masing agama 10 menit pada pagi hari. Ibadah siang bersama berupa Sholat Dhuhur berjamaah dan kultum bagi siswa bergantian bersama guru yang Muslim di Masjid Istiqamah dan Mushola di lingkungan TK,SD dan SMP Nasional KPS. Ibadah Siang bagi siswa bersama guru yang Katolik/ Kristen dilaksanakan pada siang hari jam 12.00-12.30. Siswa terbiasa hidup bertolerasi dengan keragaman agama, suku, budaya dan ras serta latar belakang ekonomi. Penguasaan Sains Pembelajaran sains bertujuan meningkatkan coriusity dan inquiry siswa. Untuk itu pembelajaran IPA dilengkapi dengan laboratorium IPA (Kimia, Fisika dan Biologi). Proses pembelajaran didukung dengan sarana Smart Board. CBT-UNBK Tiga tahun terakhir sejak 2015/2016 dan tahun 2017/2018, SMP Nasional KPS mengikuti ujian nasional berbasis komputer (UNBK) secara serentak, dan selanjutnya kelas 9 untuk Penilaian Harian, Tengah dan Akhir Semester akan melaksanakan tes berbasis komputer (CBT). Selanjutnya akan diikuti oleh seluruh kelas 7 dan 8 pada tahun pelajaran 2018/2019. Pembelajaran Bilingual dan Moving Class Dalam rangka program implementasi Kurikulum 2013, pembelajaran mata pelajaran Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam, TIK dan secara bertahap sejak tahun 2009 menerapkan pembelajaran dengan bahasa pengantar Bahasa Inggris. Siswa belajar dengan berpindah tempat ke kelas lain setelah jam pelajaran berganti. Pembelajaran Berbasis IT Web sekolah dan blog-blog guru telah dibuat untuk memudahkan siswa dan guru berkomunikasi materi pembelajaran. Hal ini disupport dengan infrastruktur Wifi di seluruh sekolah. Proses pembelajaran dilaksanakan guru dikelas dengan media audiovisual berupa LCD dan laptop. Fasilitas Belajar Perpustakaan Ratusan jenis alat permainan edukasi TK berstandar internasional. Laboratorium Sains, Komputer dan Bahasa Smart board dan media berbasis IT lainnya Wifi Area Lapangan Basket dan Voli ball Hutan sekolah dan tanaman obat keluarga. Perlengkapan seni tradisional dan band. Kelas belajar dilengkapi dengan LCD Model trainer PLTS dan PJU Sains Garden berbasis Adiwiyata Outdoor learning, study tour lokal dan nasional berkolaborasi dengan profesi orang tua. CCTV 24 jam. Menuju Sekolah CBT Prestasi Akademik SMP Nasional KPS selalu menduduki peringkat papan atas nilai Ujian Nasional, baik ditingkat kota Balikpapan ataupun propinsi Kaltim. Sedangkan peringkat individu pada UN tahun 2017 peringkat 2 tertinggi nilai UN untuk tingkat Kaltim. SD Nasional KPS masuk dalam papan atas 5 besar sekolah dengan nilai terbaik di tingkat kota Balikpapan, termasuk peringkat individu. TK Nasional KPS sebagai rujukan dalam implementasi Prestasi Non Akademik SD Nasional KPS sebagai peraih medali emas OSN 2017 di Pekan Baru, Juara I OMITS 2017 Surabaya, Juara 3 Prisma di Makasar dan Juara 1 OSN Vektor di UM Malang serta juara umum ASTRAMATIKA Unmul 2017. SMP Nasional KPS Finalis Olimpiade Sains Nasional tahun 2016 mata pelajaran IPS dan Best Performance Song and Violin di Kuala Lumpur. Olimpiade Olah Raga dan Seni Nasional (O2SN) Pembelajaran Bilingual, Debate, Story Telling, Spelling Bee, Presentation) Juara I Tingkat Propinsi Lomba Sekolah Sehat dan Finalis Nasional. Juara III Nasional Lomba Berbudaya Mutu untuk SD Nasional KPS. Sekolah Adiwiyata Mandiri untuk SD dan SMP. TK Nasional KPS merupakan sekolah rujukan untuk implementasi program BCCT dan juara LSS 1 tingkat propinsi dan Finalis Nasional.